Amaç:
Ailevi Akdeniz ateşi (AAA), pyrin proteinini kodlayan MEFV genindeki fonksiyon kazanımı mutasyonlarının neden olduğu kalıtsal otoenflamatuvar bir hastalıktır. Bu çalışmanın amacı, Türk toplumundaki AAA hastalarında ve sağlıklı kontrollerde MIR197 gen lokusundaki tek nükleotit polimorfizmlerini incelemektir. Grubumuzun daha önceki çalışmalarında, miR-197-3p’nin AAA hastalarında hastalık şiddetine göre değişken ifade gösteren bir miRNA olduğu tanımlanmıştır.
Yöntem:
Altı AAA hastası ve 12 sağlıklı kontrolün periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. MIR197 gen bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış ve Sanger dizilemesi yapılmıştır. DNA dizi analizi sonuçları Chromas (sürüm 2.33) ile analiz edilmiştir. Ayrıca Türk popülasyonundan 1011 sağlıklı katılımcıyı kapsayan açık erişimli GWAS verileri (Harvard Dataverse, V2; Turkish_A1_A2.txt) R programı kullanılarak analiz edilmiştir.
Bulgular:
Çalışma gruplarında MIR197 gen bölgesinde herhangi bir genetik varyasyon saptanamamıştır. Türk toplumundan 1011 sağlıklı kontrolü içeren GWAS çalışmasının (Harvard Dataverse, V2; Turkish_A1_A2.txt) analizi sonucunda da MIR197 gen bölgesinde herhangi bir genetik varyant tespit edilememiştir.
Sonuç:
Bu çalışmada, AAA hastalarında görülen miR-197-3p ifade değişikliğinin nedeninin MIR197 gen lokusundaki varyasyonlarla açıklanmadığını belirlenmiştir. Bu sonuçlar, promotor metilasyonu, histon modifikasyonları, diğer kodlamayan RNA’lar ve transkripsiyon sonrası modifikasyonlar gibi diğer faktörlerin miRNA ekspresyonundaki değişikliklerde rol oynayabileceğini ve daha ileri araştırmaların yapılması gerektiğini göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: AAA, mikroRNA, genetik varyasyonlar, SNPs, MIR197 geni